2014年，上海医药工业研究院计划招收攻读学术型硕士学位研究生65人左右，
上海医药工业研究院1979年经国务院学位评定委员会批准具有6个药学二级学科硕士学位授予权。1981年，医工院成为全国首批同时具有博士、硕士学位授予权单位之一。2000年，被国务院批准为药学一级学科博士学位授予单位。目前有药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、生物化工专业招收研究生。现设有药学一级学科博士后流动站。
此外，中国教育在线了解到，上海医药工业研究院2014年对于非定向研究生收取学费3000元/学年/生，所收学费全部用于提高原有奖学金和助学金的额度。奖学金不低于80%的覆盖面，助学金100%覆盖面。
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