云南省教育科学研究院积极构建为教育决策、提高教育管理水平和教育教学质量全方位服务的体系，为省委、省政府提供教育决策咨询，为全省各级各类教育教学改革和提高质量提供科研支撑。
近年来，紧扣云南省边疆民族贫困地区教育发展面临的突出问题，省教科院先后开展了云南省与周边国家边境民族教育政策的比较研究、少数民族特殊人群教育的现状及对策研究、贫困地区教育收费及学生资助实证研究等一批国家及教育部重点课题，从理论上为国家和云南省制定相关决策提供咨询依据。２００３年省委、省政府在全省启动教育改革发展试点工作后，省教科院发挥专家团队优势，在广泛调研、充分论证的基础上，相继完成了全省高等教育、职业教育、高中教育和幼儿教育改革咨询报告。
为逐步提高云南省基层教育管理水平，省教科院注重在实践中开展实证性研究并转化成果，通过制定基础教育课程改革实验整体方案，开展课改实验区教师培训、课程实施、地方课程和校本课程的开发与管理，制定与之相适应的课堂教育评价和师生评价体系。组织教研人员和教学专家深入到边疆民族地区、教育欠发达地区指导教学，针对重点、难点问题共同进行教材、教法研究，引领基层学校普遍推进“校本教研”等教学科研工作。08年以来，该院与教育厅有关部门合作，组织实施了特岗教师远程培训，帮助他们尽快把握新课改目标、基本理念、学科课程标准、掌握信息技术与课程整合的理论和技能方法，在当地教学岗位上更好地履职。
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