实现大众创业、万众创新，是一个系统性的社会建构，当下的短板或急需是要在制度设计上包容创新。近来发生的若干事件引发社会对中国高校及研究机构创新能力的质疑，这些质疑无论动机如何，都是对中国大学和研究机构能力提升的一种促进。这种促进能否有效地发挥作用在很大程度上又取决于高校和研究机构是否建立了对创新的包容机制。
对创新的包容机制比具体的创新更有价值
对于中国大学和研究机构的健全发展来说，值得追问的一个带普遍性的问题是，什么造成了创新能力不足这样的状况？其原因也不复杂，就在于现有大学和一些研究机构采用类似行政机构的管理体制，以服从为规则，对创新不能包容，甚至要千方百计排除各种创新，对损害创新的行为进行掩护、辩护和包装，从而在外表上显得一个单位很“团结”，实质却是世俗水平的一团和气。
这种排除创新的力量就在于在研究过程中设置不能质疑的权力。比如最近一些学校传出动不动就要把某人扫地出门，甚至一些人在网上发起将某某教授清除出去的非理性行动。事实上这些人正以自己所反对的方式反对自己所反对的人，以不能包容的口气显示其不能质疑的底色。
对那些不能被别人质疑的人，他已经说过什么别人就不能质疑，他下了一种判断就不容许别人下另一种判断，这就阻碍了别人真实的创新言行，而那些不能被质疑的人自己并未意识到这点，还自以为永远正确。类似的现象在各大学和研究机构并不鲜见，当某个选题被一个并不专业的领导看中，就得投入大量财力和人力攻关，过一段时间后才发现仅是对别人研究的简单重复，在这一过程中浪费了大量财力人力和众多参与者的宝贵时光；一些学校制定的对教师和研究人员繁琐重复的管理和考评程序，让大家花大量时间办各种简单重复的手续，整个过程缺少专业的质性判断，阻止了人们去从事真正的创新，分散了人们从事真正创造的精力；还有计划课题、形式化的量化管理，考评只在乎领导看法，失去客观性和专业性，这些都是对创新的包容机制没有形成的现实体现。
行政机构中不受监督的权力必然导致腐败，学术机构中不受质疑的权力必然阻碍创新，这是对古今中外组织行为都适用的基本原理。即便明显是外行的管理与评价，却不能够被质疑，谁质疑将会付出沉重的代价，这些都是阻止和排除创新的体制性存在。在这种体制下，即便有少量的创新，也只会是成本很高的，或是偶然性的创新。唯有在高校和研究机构中建立了包容创新的机制，创新之花才会遍地开放。
消除了质疑就消除了创新的起点
大学和研究机构是社会持续进步的动力，动力的源头即在创新，创新的源头在于质疑，在于许可各种质疑自然生成和自由表达。这些年不少大学由于普遍存在对创新的体制性不包容，以致降低了对创新的认知和辨别能力，一方面不知何谓抄袭，何谓创新；一方面又虚荣地羡慕创新，于是就避免不了把抄袭当作创新。由于缺少对创新的包容机制，就在阻止真实创新的同时，对专业人士一眼就能看穿的非创新内容进行包装，于是就有了“创新”词汇的铺天盖地却难得一见创新行为的怪现象。
制度上包容创新的初始条件就是撤去大学和研究机构中不能质疑的绝对权力，让每个人天性中的质疑得以自然生长和充分表达，师生之间也能质疑与问难，学校内部不存在不能质疑的人，不存在不能质疑的事。人的天性中就有创新的潜能，在不受外力阻碍时就能自然表露出来，若能获得适当的环境就能成长发展起来。创新的起点是质疑，陶行知曾写诗道：“发明千千万，起点是一问”，人常言“宗教始于信仰,科学始于怀疑”，消除了质疑，后续的创新就不可能生长起来。
制度上包容创新的过程支撑是需要建立任何人都不能例外的对他人的尊重，尤其是有一定权力的人不能不尊重他人，不能不尊重其他研究和教学人员的劳动、见解和基本人格，不能不尊重他人的专业积累，不能指望他人的专业积累在自己的名下结穗子。而是要容忍差异，甚至容忍与自己意见相反的人，不用俗见衡量他人的创新之举，不能用功利大小衡量创新的价值，也不用个人喜好去为尚未确认的创新戴高帽子。
制度上包容创新的终端出口则是规范、精准的专业评价。没有经过规范、精准的专业评价，就不能轻妄地给某一件事下创新的判断。
有了容纳质疑、尊重差异和专业评价，才能疏通一个研究机构和大学的创新通道。
长期以来，作为行政机构附属和复制的大学和研究机构，由于其中存在过多的不能质疑的非专业权力，从而使得众多创新胎死腹中；由于一些人掌握了权力就急于自立门户，不顾自己学术见识深浅地采取任务模式指使他人，高强度多任务的模式对创新能力造成严重损害，使少量残存的创新难以生根发芽；再加上评价的不专业，使极少数接近完成的零星创新泯然于平常之中，反倒让那些无节操的人以各种课题负责人、单位领导人的名义“借鉴”、收割他人的创新成果。
在现实中，包括一些握有学术重权的人在内的不少人，不以此种违背学术道德的事为耻，反而暗中钻营，伺机获得一杯羹。正是这样的体制环境和有此种心理的人共同存在并相互利用，才导致中国大学和研究机构的创新所需要冲破的阻力层大大加厚，众多人在这种环境中失去了创新的欲望，创新意识和能力逐渐退化，这是中国优秀原创产品严重匮乏的根源所在。
用实证回应质疑是维护创新的恰当方式
任由质疑为质疑，并不一定就能走向创新。简单、武断地消除质疑，或不允许质疑也不能走向创新。
若想实现创新，应对质疑的就不是行政指令、封锁、打压、删除或武断否认，而是实证。实证是从质疑到创新的艰难却有效的过程。实证就是对质疑的事通过观察、实验和调查各种途径搜集证据，或摆出事实进行证实或证伪的过程，然后再依据实证的结果去行动。
实证的方法早期主要用于自然科学研究，法国哲学家孔多塞（1743-1794）、圣西门（1760-1825）、孔德（1798-1857）倡导将自然科学实证的精神贯彻于社会现象研究之中，主张从经验入手，采用程序化、操作化和定量分析的手段，使社会现象的研究达到精细化和准确化的水平。虽然这种提倡至今已近两百年，但中国大学和研究机构里还十分缺乏实证方法的理解和运用，不仅在学校管理、评价，社会现象的研究中严重缺乏这种方法的运用，还导致这些领域几乎与创新难以接触。即便在自然学科，实证的方法也没有得到深入普遍的运用。
用实证的方法回应质疑，质疑方、被质疑方或者涉及质疑的多方需要站在平等的基础上进入实证过程，不能以行政级别高低、学术资历深浅、管理者与被管理者、出资人或被资助者，或其他各种理由将质证双方或多方置于不平等的位置。最终的判断依据是证据和逻辑，没有完整确实的证据，不符合逻辑就应该毫不犹豫地被否定，不应留下中间地带和灰色空间，不宜在权力或利益的驱使下设置缓冲空间。这样的实证过程不断地发现新的现象、新的规律，就必然是个不断创新的过程。
观察当下高校和研究机构，能够用实证的方式来回应质疑的还很少，不少人还缺少这种理念，也不熟悉这种方式和途径，从而导致真实的创新在这种环境下难以发生。而大学和研究机构要担当起万众创新的领跑者责任，就必须不断努力，逐渐朝着建立经得起质疑，也经得起实证的管理、评价机制的方向努力。
用实证回应质疑远比采用简单否定或删除的方式要“费力”得多，也会让一些当事人感到“为难”；然而，它对高校和研究机构的发展后效要优良得多。简单否定或删除质疑只会导致对抗或内部的冷战；用实证的方式则可以通向多方形成共识、和解，不断证伪并抛弃那些落后的东西，进而营造更有利于创新的学术氛围，推动一个学校和研究机构的良性发展。
创造质疑与实证相互回应的空间，彻底消除无意识的抄袭、模仿，迎来真实的万众创新的当务之急就是彻底检视现有的大学管理与评价体制，消除学术机构中不受质疑的权力对创新的阻碍，更多采用实证的方式回应质疑，拓展对创新的包容空间，让真创新生长起来去甄别、战胜伪创新。
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