造成乙肝歧视的原因有多种
《报告》认为，除了《指导意见》中的两处规定造成了对于乙肝病毒携带者的制度性歧视之外，对于乙肝传播途径的了解不够、片面追求择优录取、认为乙肝病毒携带者难以担负繁重的研究工作，成为招生单位拒绝录取最常用的借口。
中国人民大学经济学院教授顾海兵表示，《指导意见》只是一份规范性文件，没有很高的法律效力，却成为众多高校拒绝乙肝学子的依据，政府某些部门的不作为又让这一歧视不断深化。
《报告》指出，由于《指导意见》并未限制乙肝病毒携带者就读非受限专业，所以，肝功能正常的乙肝病毒携带者学生在回避了一些特定专业后，还是有机会进入大学，接受专科教育和本科教育。但是，由于《指导意见》对研究生招生的约束力不明确，尤其是对科研院所招生的约束力不明确，导致很多研究生招生机构各自为政，在各个专业上都拒绝乙肝病毒携带者。
调查中，中科院上海生命科学研究院给出的答复是：从政策上来讲，因患有慢性乙型肝炎“大三阳”而拒绝录取，学校的这种做法并不违反有关规定。高等院校及科研机构在招收硕士、博士研究生时，可参照普通高校在高考录取中的体检标准(是“参照执行”，而不是“遵照执行”——记者注)。因此，在研究生录取体检时，各招生单位可参照《2001年全国普通高校招生体检标准(修订)》，并根据本单位的实际情况，对考生的身体状况做出要求。
调查中，一些科研院所担心传染给其他同学和老师，拒绝录用乙肝病毒携带者，中科院化学所招生办公室负责人曾经给出答复，如果你是大三阳，你肝功正常，符合招生标准，你可以报考。但是，我们有些实验的条件受一些限制，比如说一些仪器的分析，上仪器的人比较多，在有些实验室里的学生比较多的情况下，也要为他们考虑。
此外，“择优录取”成了一些科研院所的理由。2007年针对中科院的调查中，中科院自动化研究所招生办公室给出的答复是：“××考生：本单位的录取原则是“择优录取”，包含身体健康检查方面，同等情况下录取没有问题的考生。”理论物理研究所给出类似的答复，并且提到“尤其在招生名额有限，生源很好的情况下……”
因此，《报告》认为，“择优录取”本是维护和实现招录公平的有效途径，但是，将考生的乙肝病毒携带状态作为是否优秀的标准之一，将严重损害这类考生的平等受教育权。这和根据成绩的择优完全不同，考试、考核成绩可以通过考生的主观努力改变，成绩体现的是考生对某一领域知识的掌握情况，而在当前的医学条件下，乙肝病毒携带状态，并非乙肝病毒携带者考生可以主观改变，是否携带乙肝病毒，并不能成为是否有潜质接受进一步教育或是否有能力从事某项科研工作的标准。
改变现状尚需多方努力
《报告》指出，我国教育领域在乙肝病毒携带者权利保护方面，已经远远落在劳动就业领域的后面。
教育事业应当以受教育者为本，尊重和保护所有公民的平等受教育权。随着我国教育事业的发展，高等教育的功能正在发生转变，已经从甄选少数“优秀分子、精英”，为国家培养“人才”和“接班人”，逐步转变为向全体公民提供自我完善、自我发展的途径和机会。保障公民受教育机会的均等，显得尤其重要。
科学早已证明乙肝病毒不会通过共同学习传播，禁止劳动和受教育领域的强制性乙肝体检，是国际通行的保护乙肝病毒携带者劳动就业权利和受教育权利的做法。在我国劳动就业领域，也是通过这种做法，来达到对乙肝病毒携带者劳动就业权利的彻底保护。
2005年，原人事部制定了《公务员录用体检通用标准(试行)》，取消了公务员录用体检中的乙肝病毒标志物检测；2007年,原劳动和社会保障部颁布了《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》，禁止了企事业单位招、用工过程中的乙肝病毒标志物体检。
《报告》建议高等教育领域效仿我国劳动就业领域的做法，取消招生过程中的强制性乙肝病毒标志物体检，保护乙肝病毒携带者的隐私权，加强乙肝科学知识的普及，消除误解和恐惧。对于疾患学生，给予更多的人文关怀和政策倾斜，鼓励其自强不息、积极进取，而不是予以抛弃。成立平等受教育监察委员会，为切实防止一些院校的歧视做法作出可行的监督。
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